En 1223 Rhinau devient une ville épiscopale dépendant de l'évêché de Strasbourg qui y transféra en 1290 le chapitre de Honau en lui conférant la plénitude des droits sur la cité. Suite aux nombreuses inondations la cité de Rhinau est reconstruite au XVIe siècle plus à l'intérieur des terres afin de la préserver des caprices du fleuve. Rhinau à subit de nombreux conflits au cours de l'histoire, d'abord contre les Armagnacs en 1444, puis lors de la Guerre des évêques en 1592 et en 1610 par les troupes de l'Union. Au XVIIIe siècle, le chapitre comprenait 28 paroisses. Particulièrement touchée lors de la Seconde Guerre mondiale, la cité s'est progressivement reconstruite. Aujourd'hui Rhinau possède un très beau centre-ville dominé par l'église Saint-Michel, à côté se trouve le choeur de l'ancienne église Saint-Nicolas du XVIe siècle. L'ancien hôpital du XVIIe siècle qui accueille une maison de retraite. Rhinau est également célèbre par son bac automoteur transfrontalier qui fait la navette sur le Rhin reliant Rhinau à Kappel Grafenhausen en Allemagne. Ce bac a été mis en place en 1967 afin d'assurer l'exploitation des 997 ha de terres rhinoises situées sur la rive allemande. En effet voilà une autre originalité de Rhinau qui possède une partie de son ban communal outre-Rhin. Et quelle partie, une des plus belles réserves naturelles qui préserve des paysages de ried et de forêt alluviale, le Taubergiessen. Autre réserve naturelle nationale créée en 1991 côté français cette fois, l'île de Rhinau qui compte 306,72 hectares de jungle rhénane.